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Atelier sur les virus intégrés

Le Cirad et l'Inra organisent un séminaire scientifique sur le thème des virus intégrés dans le génome des plantes.
Mise à jour le 29 novembre 2011
 

Les virus sont généralement présents sous forme de particules virales "libres" dans le cytoplasme des cellules hôtes infectées. Mais parfois, tout ou partie de l’ADN du virus s’intègre à celui de la plante-hôte. Des chercheurs Cirad et Inra de Guadeloupe et de Montpellier se réunissent à Neufchâteau et à Duclos du 2 au 8 décembre, pour examiner les problèmes que posent ces séquences virales endogènes pour la création variétale et la conservation des ressources génétiques.

 

BSV, DBV, des noms un peu barbares pour désigner des virus qui s’attaquent aux bananiers et aux ignames. Ces virus sont appartiennent au genre Badnavirus, de la famille des Caulimoviridae. Ils sont à l’origine de maladies graves pour le bananier, un peu moins pour l’igname.

Chez le bananier, le génome Musa balbisiana contient des séquences virales endogènes du virus de la mosaïque en tirets du bananier (BSV). Certaines de ces séquences endogènes (eBSV) sont infectieuses et s’expriment dans les variétés hybrides naturelles ou créées, comportant les génomes M. acuminata (A) et M. balbisiana (B). Cette expression aboutit à une infection spontanée, identique en tout point à celle observée lorsque le virus est transmis par les espèces de cochenilles qui en sont les vecteurs. L’activation d’eBSV infectieux est fréquente dans variétés hybrides créées de génotypes AAB ou AAAB. Les eBSV infectieux compromettent donc la création de nouvelles variétés hybrides, notamment de variétés résistantes aux maladies.

En conséquence, le Cirad travaille depuis plusieurs années sur des questions de recherche liées aux eBSV :

- Quelle est la structure des eBSV infectieux ?
- Toutes les variétés de M. Balbisiana utilisables pour la création variétale sont-elles porteuses d’eBSV infectieux ?
- Quels sont les facteurs qui peuvent déclencher l’expression de ces séquences ?
- Est-il possible de "nettoyer" le génome M. balbisiana des eBSV infectieux afin de créer des variétés ne posant pas de risques d’activation ?

Chez l’igname, on en sait beaucoup moins.
L’Inra et le Cirad travaillent conjointement depuis 2009 à la mise en évidence de séquences virales endogènes chez les ignames. L’existence de ces séquences est soupçonnée depuis plusieurs années, mais n’a pas été formellement démontrée. Les travaux de l’Inra et du Cirad s’appuient sur la collection du CRB.

Quels problèmes pourrait poser la présence de séquences intégrées chez l’igname ?

- Ces séquences peuvent interférer avec les techniques de diagnostic qui sont utilisées pour détecter les badnavirus des ignames. Or, le diagnostic viral est une des clés de voûte de la gestion, de la conservation et de la diffusion des ressources génétiques : il est nécessaire de savoir si une variété conservée in vitro est saine ou infectée afin de sécuriser la fourniture de variétés aux partenaires du développement agricole.
- Le risque que certaines de ces séquences soient infectieuses est une menace pour les programmes de création variétale

Le séminaire organisé par le Cirad et l’Inra permettra de dresser un état des connaissances sur les séquences virales endogènes des bananiers et des ignames. Les deux instituts souhaitent poursuivre une programmation concertée des activités de recherche sur ce thème, afin de définir des stratégies pour contourner le risque sanitaire.